1974年（昭和49年）7月20日「海の記念日」に開館。海と船の文化を伝える海洋総合博物館として、海洋探査に関する資料や大昔の日本の船の復元品などを展示している。なお、前面水域には青函連絡船『羊蹄丸』を係留、展示・公開している。

※老朽化のため9月末で、船の科学館と青函連絡船『羊蹄丸』の展示公開が休止される